En général, on déconseille absolument toute surface grillagée pour éviter les problèmes de pattes. Mais je ne suis pas de cet avis.
Je dirais qu'avoir un fond grillagé ne pose pas problème à partir du moment où les rats ne restent pas longtemps stationnés dessus, donc que la majorité des surfaces où ils évoluent ne le sont pas (donc dans ton cas, qu'ils ont de nombreux étages spacieux qui ne soient pas en grille).
Dans ma cage c'est l'inverse : le bac du fond est plein (rempli de litière), mais les étages sont en grille (je trouve ça plus pratique pour y suspendre des trucs et éviter la stagnation de l'urine). Ca fait 2 ans que c'est le cas, et je n'ai à déplorer aucun soucis d'irritation de pattes sur l'ensemble de mes rats (une 20aine d'individus y ont vécu). Je pense que c'est lié qu'ils ne passent au final pas beaucoup de temps sur les grilles, ils ne font qu'y passer (ou alors quand ils y dorment c'est en laissant pendre leurs pattes aux travers des grilles), et préfèrent s'amuser dans la litière du bac du fond ou pioncer dans les nombreuses cabanes suspendues.
Par contre faut aussi voir comment est la grille, mes grilles ressemblent en gros à des grilles de barbecue, c'est à dire avec des barreaux assez épais (pour éviter l'effet "fil à couper le beurre" qu'on aurait avec un grillage plus fin), et des espaces inter-barreaux assez larges (pour éviter les coinçages de pattes).
Si tu veux recouvrir ta grille alors qu'elle ne coulisse pas, tu peux tout simplement mettre du drybed au fond, comme c'est flexible tu devrais pouvoir le faire passer par la porte (mais moi, j'aime pas le drybed, je trouve ça crade, je préfère autant qu'ils restent sur des grilles).